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UNO R3がうまく動作したのであらためて今までのArduinoとの違いを調べてみました。
大して違いはないのですが、USBインターフェースのICが違います。今まではFTDI社のFT232RというUSBシリアル専用のICが使用されていました。 UNO R2からArduino本体のICと同じAtmel社のATmega8U2、UNO R3ではATmega16U2といったUSB内蔵タイプの汎用マイクロプロセッサーを使用しています。 Arduino leonardoやmicroはATmega32U4を使用し、USBインターフェースまで本体のマイクロプロセッサーで賄っています。

ATmega8U2、ATmega16U2はATmega32U4同様にまだどこでも扱っていないようです。ATmega32U2なら秋月電子で取り扱っています。ATmega32U4は44ピン TQFPパッケージでが、ATmega8U2、ATmega16U2、ATmega32U2は32ピンTQFPパッケージです。秋月のTQFP変換基板が使えます。0.8mmピッチならハンダ付けは OKというわけで使い道も考えずに早速購入しました。ネットリサーチの結果、AVRISP MkII互換のAVRライターを作製してる方がいました。私もという ことで作製してみました。

参照したサイトです。
　　AVRISP mkII クローン製作 　　AVRISP mkII clone の製作
　　FRISK USBTiny MkII

AVRライターのファームウエアはATMEL社からダウンロードしてきたFlipというツールを使用してAVRISP-MKII-avrdude.hexを書き込みます。このAVRISP MkII クローンを使用してArduino IDEからbootloaderの書き込みができることを確認しました。
AVR Studio 6.2を使用する場合はAVRISP-MKII-studio.hexを書き込みます。