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ATmega32U2でAVRISP MkII互換のAVRライターがうまく動作したので今度はArduino Leonardo、Arduino Microもどきが作れないかと思うのは欲張りでしょうか。
Arduino LeonardoやArduino microはATmega32U4を使用しています。理由はATmega32U2にはアナログポートとI2Cインターフェースがないためでしょう。 デジタルポートのみでもUSBインターフェースを内蔵していることの魅力にはかないません。

参照したサイトです。
　　ATMEL ATmega8U2-32U2データシード（日本語版）

　　ATmega32U2でArduinoモドキを作る
　　ATmega32U2 USB Development Board, Arduino compatible
　　ATmega32U2 USB Atmel AVR Arduino compatible development board DIL32 bootloader

　　Minimus board with Arduino
　　　　プロジェクトサイトはprojects/minimusです。

今回のテストではMinimus board with ArduinoのCaterina-Minimus.hexをAVRISP MkIIで書き込んで使用しました。スケッチの作成には同じサイトにあるArduino IDE 1.0.2も一緒にダウンロードして使用します。これは普通のArduino IDEはATmega32U2をサポートしていないためです。

【追記】

Arduino Leonardo、micro、Minius boardなどATmega U系のスケッチはATmega系のスケッチと異なり多少修正する必要があります。一例がSerialクラスです。ATmega32U2のUART（8ピンRXD、9ピンTXD）に出力しようと思ったらSerial1を指定する必要があります。詳細はこのページを参照してください。
また、ATmega系にはないKeyboardクラスとMouseクラスががあります。このクラスを使用するとArduinoボードがPCからはキーボード、マウスになります。サンプルプログラムはけっこうおもしろいです。これは使えるかもしれません。